বিভিন্ন সময় বিভিন্ন বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্যের বিরুদ্ধে অনিয়মের অভিযোগ উঠছে। এসব অভিযোগের তদন্ত হলেও উদাহরণ সৃষ্টি করার মতো কখনো ব্যবস্থা হয় না। কখনো কখনো কোনো উপাচার্যকে সরিয়ে দেওয়া হলেও অনিয়মের শাস্তি হয় না।